很多学者对化学消毒剂控制生物膜的有效性进行研究，证实多种化学消毒方法行之有效。例如过氧化氢和化合物，洗必泰酸盐等。可根据不同制剂的杀菌效果，对水道进行间隙性(高浓度)和连续性(低浓度)消毒。现临床上常用间隙性消毒剂采用普通漂白消毒剂(2.25％NACIO)稀释(10)后每周一次消毒。

持续性消毒则使用3ppm次。Karpay研究证实两种同时采用比单独使用其中一种效果更好，其水管内菌落含量可降低到1CFU/ml，但次对金属的腐蚀性和生物相容性也受到研究者质疑。因此，国内外口腔综合治疗台厂商又在研制低浓度下杀菌力强\生物相容性好\水中溶解性强\不易在水管内壁沉淀\而且在水管内安全性指标符合WHO的饮用水指标的消毒剂。如意大利卡斯特里尼(CASTELLINl)TAED消毒剂和芬兰普梅卡(PLANMECA)的PM消毒剂。